파일질라 실행 후 사이트 관리자 곧바로 실행시키기

바로가기를 요렇게 변경해주면 됩니다.
개인적으로 무척 불편했는데 찾아보니깐 답이 나오네요. 원츄~
담버전에는 옵션으로 들어가길 빌어보네요.

"C:\Program Files\FileZilla FTP Client\filezilla.exe" -s

참고
http://wiki.filezilla-project.org/Command-line_arguments#FileZilla_Client_Command-Line_Arguments